终端处理包括：除盐、除二氧化碳和反洗水泵。 
(1)EDI连续电除盐水处理：EDI组件中将一定数量的EDI单元间用网状物隔开，形成浓水室。又在单元组两端设置阴/阳电极。在直流电的推动下，通过淡水室水流中的阴阳离子分别穿过阴阳离子交换膜进入到浓水室而在淡水室中去除。而通过浓水室的水将离子带出系统，成为浓水. EDI设备一般以反渗透（RO）纯水作为EDI给水。RO纯水电阻率一般是40～2μS/cm（25℃)。EDI纯水电阻率可以高达18 MΩ.cm(25℃)，但是根据去离子水用途和系统配置设置，EDI纯水适用于制备电阻率要求在1～18.2MΩ.cm(25℃)的纯水。 
(2)中间水箱：中间水箱起到储存水的作用，只有当中间水箱达到一定水位（水量）以后二级RO才允许工作，这和产水率有关系，因为不可能把一级RO出水直接通在二级RO的进水处，否则容易烧坏，同时设立中间水箱便于得到不同电导率的纯水。 
(3)反洗水泵：清洗系统由于清洗装置是反渗透系统的维护设备，运行时间和频率比较低，一般几个月运行一次，建议采用手动控制方式进行；清洗进行时，首先确保清洗水箱有足够的清洗液，并且清洗泵、及清洗过滤器进出口各阀门都处于开启状态，检查清洗设备和反渗透装置之间的管道连接，开启清洗水泵，清洗装置进入开启状态。增加过滤效果和过虑量，在反冲后能恢复初始功能提高过滤精度．而又不影响流量或过滤周期，在不影响其他指标下提高产水置，能进行深度处理或提高处理的技术指标